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III Jornadas de Ingeniería Estadística 2024 11 y 12 de Noviembre 2024, Auditorio DMCC Universidad de Santiago de Chile |
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Es la práctica de conducir estudios científicos o basados en datos de tal manera que permita a otros replicar o reproducir los resultados usando los mismos datos, códigos y metodologías.
Enlaces importantes
https://posit.co/download/rstudio-desktop/
Existen otras alternativas más génericas como Visual Studio Code, un editor de código para múltiples lenguajes. Sin embargo, al no ser un software especializado en R, requiere utilizar extensiones para lograr las funcionalidad que otorga RStudio.
Cuenta en GitHub
El paquete rmarkdown provee un marco de escritura para investigaciones cuentitativas, que combina códigos, resultados y texto. Los documento R Markdown son completamente reproducibles y permiten generar archivos en distintos formatos: PDF, Word, Presentaciones y más. Quarto es la nueva generación de esta herramienta para incluir distintos lenguajes.
Los archivos Quarto fueron diseñados para ser usados de tres maneras:
Para comunicar a los tomadores de decisiones, quienes quieren centrarse en las conclusiones, no en el código detrás del análisis.
Para colaborar con otros investigadores, quienes están interesados en las conclusiones y el cómo se llego a ellas (i.e. el código)
Como un ambiente para hacer análisis, como un notebook donde se puede capturar el trabajo realizado junto a notas de este.
Quarto para tu sistema operativoRStudio y crear documento .qmdqmd: archivo de origenknitr: Herramienta que interpreta y ejecuta códigos y lo traduce en texto markdownmd: texto escrito en lenguaje markdownpandoc: Herramienta que convierte archivos .md enb distintos formatosYAMLQuartoR, Python, Julia, Observable)YAML es un formato de serialización de datos que puede ser leído fácilmente. Su uso es amplio, desde Acciones en GitHub hasta Quarto
Un ejemplo de YAML que difine un ambiente computacional podría ser:
# Define the operating system as Linux
os: linux
# Use the xenial distribution of Linux
dist: xenial
# Use the programming language Python
language: python
# Use version of Python 3.2
python: 3.2
YAML nos será de particular interés para la creación de documentos y presentaciones reproducibles, utilizando quarto.
El contenido del documento puede estar escrito utilizando diferentes formatos, entre ellos:
QuartoHTMLLaTeXCSSRStudio| Sintáxis Markdown | Salida |
|---|---|
| italics, bold, bold italics | |
| superscript2 / subscript2 | |
verbatim code |
| Sintáxis Markdown | Salida |
|---|---|
Header 1 |
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Header 2 |
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Header 3 |
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Header 4 |
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Header 5 |
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Header 6 |
| Sintáxis Markdown | Salida |
|---|---|
| https://quarto.org | |
| Quarto | |
| Sintáxis Markdown | Salida |
|---|---|
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| Sintáxis Markdown | Salida |
|---|---|
continuan después
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| Right | Left | Default | Center |
|------:|:-----|---------|:------:|
| 12 | 12 | 12 | 12 |
| 123 | 123 | 123 | 123 |
| 1 | 1 | 1 | 1 || Right | Left | Default | Center |
|---|---|---|---|
| 12 | 12 | 12 | 12 |
| 123 | 123 | 123 | 123 |
| 1 | 1 | 1 | 1 |
Usamos ``` para delimitar bloques de código:
Podemos agregar un lenguaje para destacar el código:
Pandoc ofrece 140 distintos lenguajes para destacar código.
Para una lista exhaustiva de las opciones de formato que tienen los documentos .qmd visitar https://quarto.org/docs/guide/.
Los formatos de salida más utilizados para documentos creados con Quarto son:
Para cambiar entre estos formatos, basta especificiar la salida deseada en el YAML. Otros formatos posibles:
En Quarto tenemos 3 opciones para presentaciones:
En donde RevealJS es el formato que nos entrega más herramientas. (Esta presentación fue hecha utilizando RevealJS en Quarto)
Crearemos un mismo documento en distintos formatos
Este tutorial usa un template llamado clean. Está disponible en un repositorio en GitHub.